Zum Gedenken an den Arzt und Naturforscher Philipp Franz von Siebold eröffnete die Siebold Gesellschaft mit Unterstützung der Stadt Würzburg sowie zahlreicher japanischer und deutscher Sponsoren am 3.Juli 1995 das Siebold-Museum.

Neben zwei Museumsgeschossen befinden sich in der ehemaligen Direktionsvilla der Bürgerbräu AG eine deutsch-japanische Begegnungsstätte sowie eine Japan-Bibliothek.

Die Dauerausstellung zeigt Exponate der Familie Siebold sowie aus dem deutschen und japanischen Lebensabschnitt des Japanforschers. Hinzu kommen Sonderausstellungen, die eigens angekündigt werden.
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Neben dem Sieboldhuis in Leiden und dem Siebold Memorial Museum in Nagasaki, Japan, mit dem eine langjährige Partnerschaft besteht, ist das Museum in Würzburg, Siebolds Geburtsstadt, das dritte seiner Art.
Seit dem 01.11.2004 besteht daneben eine Museumspartnerschaft mit dem Mogami-Tokunai Memorial Museum in Murayama.